Créé en 1974 comme centre de recherche propre à l'Institut National des Langues et Civilisations Orientales, le Centre d'Etudes Japonaises réunit actuellement une trentaine de chercheurs – dont une dizaine de membres associés – travaillant dans le domaine japonais. Il constitue ainsi l'une des équipes de recherche les plus importantes, en Europe, dans sa spécialité.

Equipe d’accueil reconnue par le ministère de l'Education nationale (EA 1441) depuis 1994, le CEJ a également pour mission d'encadrer les étudiants préparant un doctorat à l'Inalco (une trentaine en cours en septembre 2005).

Le Cej assure la publication de la revue Cipango (quinze volumes parus) et soutient la publication de nombreux ouvrages, dont ceux publiés dans la "Collection Japon" aux Belles Lettres.